V súčasnosti fungujú v rámci STS nasledovné pracovné skupiny:
Pracovná skupina pre transplantácie od živých darcov a výmenné obličkové programy
Predsedníčka: MUDr. Tatiana Baltesová, PhD.
Pracovná skupina pre štandardné diagnostické a terapeutické postupy a vedecké štúdie v transplantačnej medicíne
Predsedníčka: doc. MUDr. Ivana Dedinská, PhD.
Pracovná skupina pre imunologickú diagnostiku v transplantológii
Predseda: MUDr. Daniel Kuba, PhD.
Pracovná skupina "Transplantácia pečene"
Predseda: MUDr. Ľubomír Skladaný, PhD.